Bir sonraki sezona da Argyris Pedoulakis yönetiminde başlayan Panathinaikos, kadroda çok büyük bir değişiklik yapmadı. Sofoklis Schortsianitis’i göndren Panathinaikos, Mike Batiste, Antonis Fotsis ve Loukas Mavrokefalidis gibi isimleri kadrosuna kattı.
Yine de Euroleague’de kötü bir sezon geçiren Panathiniakos, on bir yıl sonra Euroleague’de sezonu %50 galibiyet yüzdesinin altında tamamladı. Normal Sezon Grubu’nda çok zorlanan Panathinaikos, Top 16’da ise inişli-çıkışlı bir performans sergilerken alınan Laboral yenilgisi sonrası koçunu kovdu ve yoluna efsane oyuncularından Fragiskos Alvertis ile devam etti. Bir şekilde Top-8’e yükselen Panathinaikos, ev sahibi olmadığı seride CSKA Moskova’ya 3-2 kaybetti ve yine Final-Four göremedi.
Bir önceki yıl olduğu gibi yerel mücadelede duble yapan Panathinaikos, hem lig hem de kupayı kazandı.