Obradovic sonrası ilk sezonda yola Argyris Pedoulakis ile devam eden Panathinaikos, belki de son dört yılın en iyi sezonunu o sezon geçirdi. Panathinaikos’un koç değişikliğine gitmediği tek sezon bu sezon oldu. Kadroda Mike Batiste, Stratos Perperoglou Sarunas Jasikevicius, Nick Calathes, Romain Sato, Kostas Kaimakoglu ve Ian Vougiouskas gibi önemli oyuncular ayrılsa da Roko Ukic, Stephane Lasme, Jonas Maciulis, Mike Bramos, Sofoklis Schortsianatis ve James Gist gibi isimler katıldı.
Normal Sezon ve Top-16 Grubu’nu rahat bir şekilde geçerken PAO, Playoff’ta ise Barcelona ile eşleşti. Ev sahibi avantajı olmadığı seriyi beşinci maça kadar götüren Panathinaikos, yine de seriyi 3-2 kaybetti.
Panathinaikos, kendi liginde ise şampiyonluğa ulaşırken Yunanistan Kupası’nı da müzesine götürdü.