Basketbolu bıraktıktan sonra koçluk kariyerine Zalgiris Kaunas’ta yardımcı antrenör olarak başladı. Ve tarihler 2016 yılını gösterirken Sarunas Jasikevicius Zalgiris Kaunas’ın başantrenörü olmuştu.
Koçluğa başladığı 2016 yılından bu yana takımı Zalgiris Kaunas’ı her sezon Litvanya liginde şampiyonluğa taşımayı başardı. EuroLeague’de ise takımını her bütçeyle büyük oynayan bir takım hâline getirdi. Öyle ki 2018 yılında EuroLeague’in en düşük bütçeli takımlarından biri olan Zalgiris Kaunas’ı playoff’ta saha dezavantajına rağmen Final Four’a taşımayı başardı.
Özellikle saha içinde oynattığı sistem basketbolu, Zeljko Obradovic’ten izler taşısa da Sarunas Jasikevicius genç bir koç olarak adından çok söz ettirdi. 2019 EuroLeague playoff’larında da Fenerbahçe Beko’dan ile eşleşen Saras Jasikevicius’un takımı deplasmanda bir galibiyet almayı başarsa da Final Four’a yükselemeden elendi. Oynattığı basketbolla birçok oyuncuya seviye atlattı ve onların basketbollarına önemli özellikler ekledi. Şampiyon bir oyuncu olan Sarunas Jasikevicius koçluk kariyerine başarılı bir giriş yaptı ve ilerleyen dönemlerde şampiyon bir koç da olabileceğini bizlere gösterdi.