Ülker’in basketbol şubesini kapatma kararı alması ve kulüplere sponsor olarak destek vermeye başlamasından hem oyuncu hem de mali destek anlamında en çok yararlanan takım olan Fenerbahçe, A Milli Takım’ın katıldığı uluslararası turnuvalar dahil olmak üzere büyük bütçelerin ve konulan büyük hedeflerin çoğunlukla sonuçsuz kaldığı bu dönemde Efes Pilsen ile birlikte turnuvanın demirbaşları arasına girdi. Yüksek beklentilerin ve harcanan milyonlarca liranın 2000’lerin ilk yarısındaki sportif başarıya dönüşmediği bu dönemi “hayal kırıklığı” olarak isimlendirmek, o dönemlerde benim gibi basketbola yeni yeni aşık olmaya başlayan bir çocuğun yaşadığı duyguların en güzel tasviri olacaktır.
2006-07
Fenerbahçe Ülker: 5 galibiyet-9 mağlubiyet; Normal sezonda yedinci olarak elendi.
Efes Pilsen: 10 galibiyet-10 mağlubiyet; Normal sezonda 8 galibiyet-6 mağlubiyet ile dördüncü oldu; Top 16’da 2 galibiyet-4 mağlubiyet ile üçüncü olarak elendi.
Milli Takım: EuroBasket 2007‘de grupta (1-2) ile üçüncü, grup sonuncularından alınan galibiyetlerin taşınmadığı ve karşı gruptan gelen takımlarla üç maçla tamamlanacak olan ikinci turdaki altılı grupta toplam (0-5) derecesiyle sonuncu oldu. Turnuvayı 11. bitirdi.
2007-08
Fenerbahçe Ülker: 9 galibiyet-13 mağlubiyet; Normal sezonda 6 galibiyet-8 mağlubiyet ile dördüncü oldu; Top 16’yı 3 galibiyet-3 mağlubiyet ile ikinci bitirdi; çeyrek finalde Montepaschi Siena’ya 2-0 ile elendi.
Efes Pilsen: 9 galibiyet-11 mağlubiyet; Normal sezonu 8 galibiyet-6 mağlubiyet ile dördüncü tamamladı; Top 16’da 1 galibiyet-5 mağlubiyet alarak dördüncü oldu ve elendi.
Milli Takım: 2008 Yaz Olimpiyatları‘na katılamadı.
2008-09
- Sekizer takımdan oluşan üç grupla oynanan normal sezon sistemi değişti. Altışar takımdan oluşan dört grup formatı normal sezon aşamasında uygulanmaya başladı.
- Top 16 gruplarında bir değişim yapılmadı. Çeyrek final formatındaki üç maçlık seri de beş maça çıkarıldı.
Fenerbahçe Ülker: 7 galibiyet-9 mağlubiyet; Normal sezonda 6 galibiyet-4 mağlubiyet ile üçüncü oldu; Top 16’da 1 galibiyet-5 mağlubiyet alıp dördüncü oldu ve elendi.
Efes Pilsen: 4 galibiyet-6 mağlubiyet; Normal sezonda beşinci olarak elendi.
Milli Takım: EuroBasket 2009‘da grupta (3-0) ile lider. Bir önceki turnuvayla aynı formata sahip ikinci tur gruplarında toplam (4-1) derecesiyle ikinci oldu. Çeyrek finalde Yunanistan’a kaybetti. Turnuvayı klasman maçları sonucu sekizinci bitirdi.
2009-10
Fenerbahçe Ülker: 3 galibiyet-7 mağlubiyet; Normal sezonu altıncı bitirip elendi.
Efes Pilsen: 6 galibiyet-10 mağlubiyet; Normal sezonda 4 galibiyet-6 mağlubiyet alarak dördüncü oldu; Top 16’yı 2 galibiyet-4 mağlubiyet ile bitirip dördüncü olarak elendi.
Milli Takım: 2010 Dünya Basketbol Şampiyonası‘nda ev sahibi olan Türkiye, grubunu (5-0) ile lider bitirdi. İkinci turda Fransa, çeyrek finalde Slovenya, yarı finalde de Sırbistan’ı yenerek finale yükseldi. Finalde ABD’ye yenilip ikinci oldu.
2010-11
Fenerbahçe Ülker: 10 galibiyet-6 mağlubiyet; Normal sezonda 7 galibiyet-3 mağlubiyet ile ikinci oldu; Top 16’da 3 galibiyet-3 mağlubiyet alıp üçüncü oldu ve elendi.
Efes Pilsen: 7 galibiyet-9 mağlubiyet; Normal sezonda 5 galibiyet-5 mağlubiyet alarak üçüncü oldu; Top 16’yı 2 galibiyet-4 mağlubiyet ile bitirip üçüncü oldu ve elendi.
Milli Takım: EuroBasket 2011‘de grupta (3-2) ile üçüncü. Yine altı takımdan oluşan, ancak aynı gruptaki takımların birbirleriyle oynadıkları maçların derecelerini taşıdıkları ve karşı gruptan gelen üç takımla karşılaştıkları ikinci turda (1-4) toplam derecesiyle sonuncu olup, turnuvayı 11. bitirdi.