Emmanuel Omogbo kolej kariyerine ilk olarak NCAA yerine NJCAA ekiplerinden South Plains’te başladı. NJCAA’deki son senesinde oldukça etkileyici ortalamalar tutturmuştu. 27,5 dakikada %64 saha içi isabet yüzdesi ve %39 üç sayı yüzdesi ile 18,7 sayı 10,2 ribaund ve 1,9 asist ortalamalarıyla oynadı. NJCAA All-Star maçının da MVP’si seçilmişti son sezonunda. İki yılın sonunda NCAA ekiplerinden Colorado State’e transfer oldu.
Colorado State’de de başarılı geçen iki sezonun sonunda dört yıllık kolej kariyerinde 25,5 dakikada 12,4 sayı 8,5 ribaund 1,3 asist ortalamalarıyla oynadı. Dört yılın ardından NBA Draft 2017’ye adını yazdırdı. Drafttan beklentisi ikinci turda seçilmek veya draft sonrası takımlarla çıkacağı antrenmanlarda kendini göstermekti. Denver Nuggets da dahil olmak üzere dört takımla antrenmanlara çıksa da kontrat alamadı. Sonrasında Golden State Warriors ile Yaz Ligi’nde şansını denedi o da olmayınca rotayı Avrupa’ya kırdı.